Bewegt sich der Mauszeiger unregelmäßig, so kann das an der Umstellung von xserver-xorg-input-synaptics auf xserver-xorg-input-libinput liegen.
Bei mir war es so, dass sich die Maus in Y-Richtung doppelt so schnell bewegte wie in X-Richtung.
Wenn ich einen Kreis mit dem Finger auf das Touchpad meines MacBook1,1 zog, bewegte sich der Zeiger auf dem Bildschirm im Oval.
Auch war, und das fiel mir erst später auf, der Tab "Touchpad" in den Maus-Einstellungen von MATE nicht vorhanden.
Wäre das Tab vorhanden oder ich hätte nicht bemerkt, dass er fehlt, hätte ich auch keine Lösung für dieses wohl relativ neue Problem im Internet gefunden, denn Suchbegriffe wie "debian 9 stretch different mouse speed x y" oder ähnliches führten mich zu keiner Lösung. Doch die Suche nach "debian 9 Touchpad tab missing MATE" (oder so ähnlich) brachte mich auf diese Seite, auf der geschildert wird, dass man wieder das Synaptics-Paket verwenden sollte - welches sich in meinem Fall nicht auf dem System befand. Es ist eine Neuinstallation von Debian 9.2 "Stretch" (und kein Update von einem Vorgänger wie 9.1 oder 9.0).
# apt install xserver-xorg-input-synaptics
Ob folgender Schritt dann überhaupt nötig ist, weiß ich nicht, doch ich verlinkte zur Sicherheit gleich noch die Datei /usr/share/X11/xorg.conf.d/70-synaptics.conf im Ordner /etc/X11/xorg.conf.d, den ich vorher noch anlegen musste.
# mkdir /etc/X11/xorg.conf.d
# cd /etc/X11/xorg.conf.d
# ln -s /usr/share/X11/xorg.conf.d/70-synaptics.conf
Das Tab "Touchpad" ist nun in den Einstellungen zu sehen, die Einstellung der Mausbeschleunigung (im "Maus" Tab) beeinflusst nun auch die Zeigerbewegung und der Mac lässt sich nun wie gewohnt steuern.